Luego del sorteo realizado por la Dimayor, quedaron definidas las llaves de la Fase II de la Copa Águila 2016, donde Junior como Campeón 2015 llega de forma directa a esta fase de la competencia y deberá enfrentar al Deportivo Pasto.
Los clubes que finalizaron los cuadrangulares de la Fase I como primeros de sus grupos serán cabeza de serie, por lo cual iniciarán sus compromisos como visitantes y cerrarán como locales.
La fecha estipulada para el inicio de los octavos de final será, el 27 de julio los partidos de ida y el 10 de agosto, los partidos de vuelta.
Llave 1: Atlético Nacional vs. Real Cartagena
Llave 2: Valledupar vs. Ind. Medellín
Llave 3: Equidad vs. Cúcuta
Llave 4: Cali vs. América
Llave 5: Envigado vs. Patriotas
Llave 6: Junior vs. Pasto
Llave 7: Santa Fe vs. Quindío
Llave 8: Tolima vs. Millonarios
En la Fase III se enfrentarán de la siguiente manera:
Ganador llave 1 vs. Ganador llave 5 = S1
Ganador llave 2 vs. Ganador llave 6 = S2
Ganador llave 3 vs. Ganador llave 7 = S3
Ganador llave 4 vs. Ganador llave 8 = S4
La fechas de la Fase III de la Copa Águila 2016 inician el 24 de agosto, los partidos de ida y el 31 de agosto los de vuelta.
En la Semifinal se enfrentarán S1 vs. S3 y S2 vs. S4
Las fechas para la semifinal de la Copa Águila 2016 son: partidos de ida 28 de septiembre y partidos de vuelta 19 de octubre.
Los ganadores de cada semifinal jugarán la final de la Copa Águila 2016. Las fechas de dichos compromisos serán 26 de octubre y 2 de noviembre.
Es importante recordar que el campeón de la Copa Águila 2016 tendrá derecho a participar en la Copa Suramericana 2017.
